在设定目标前，我们通常会遇到这样的问题，目标设定应该首先从哪里开始?从高层开始还是从基层开始，或者是两者同时开始?更进一步说，就是我们常常提到的应该选择哪一种方式来设定目标，即由上而下设定目标，还是由下而上设定目标，或者是两者结合起来设定目标。在选择一种合适的方式前，我们选对这三种方式一一进行介绍：
由上而下设定目标
由上而下设定目标，指的是先由最高层领导公布总目标草案，然后依次分派给各部门目标草案及个人目标草案。若各级主管对分派的本部门目标草案没有异议，则总目标可以定案，部门目标与个人目标也相继确定。由上而下设定目标的原理在于，每个人的目标，都是为了上一级的目标而存在的，如果没有上级的目标，也就无从设定个人的目标。下图揭示了这种由上而下层层设定目标的程序。
由上而下设定目标，可以通过信息的逐级向下传递，使员工了解企业的经营战略目标、目标本身及与其他组织任务的关系，并向员工提供有关目标设定程序和实施的信息，从而使员工对自己在企业的发展方向上也有个清楚的认识，同时激发员工的使命感等。
尽管由上而下设定目标有上述优点，但如果我们在具体实施时，不注意协调组织内各管理层次的工作和维持组织及其员工之间纳密切联系，就会很容易形成专制，比如上级向下级强制指定目标： “这就是你的目标”。如果这样的话，就不是目标，而变成“配额”了。同时，还会造成员工因目标对自己没有吸引力或根本不认可而消极被动，例如上级设定“降低成本“目标，下级也来一个“降低成本”，再下一级也是“降低成本”。另外，还容易造成信息在传递中失真等等，这些因素最后都会影响设定目标的有效性以及将来实现的效果。
由下而上设定目标
由下而上设定目标，是指先由基层主管考核实际情况，将分派而来的个别目标草案酌情修改，并呈送直接上级核定后正式确定。它强调目标在设定过程中，由下属以自我管理的方式保持完全的自主性。因此能激发下属的积极性，并满足他们“自我实现的需求”，从而使其全力以赴去达成目标。
同时，由于由下而上设定目标的方式对员工具有启发性，而且有利于创造民主的氛围，因此有助于上级评价这种设定方式的绩效，了解一些员工方面的信息，比如员工的工作绩效与达到目标的程度；员工未能解决和当前所面临的问题；各种组织改进意见与建议；员工对本身工作、同事和组织的态度与想法等等。通过这种倍息的上传、上下级的沟通和下级的主动参与，最后设定的目标将更加切合实际、更加合理，并有利于将来目标的达成。
但是，在具体实施中，我们仍需注意的一个大问题可能是“下级的目标定得过低”，或者说“没有达到上级的期望”，而造成这种结果的主要原因很可能是上下级之间的沟通不成功，下级员工对上级缺乏信任感。同时，由于缺乏总目标的指引，下级随心所欲自定目标，无法和上级目标结合起来，以至最后无法达成总目标。
共同协商设定目标
共同协商设定目标是最高层领导先公布总目标草案，经与各部门主管磋商并获同意后确定草案，然后部门主管依据总目标，设定部门的目标草案，经与相关主管商讨，并获得支持达成承诺后定案。最后，各级主管依据部门目标，拟订自己的个人目标草案，经与部门同事协商后定案。
共同协商设定目标是争取时间的需要。有时，为了尽快决策，信息必须超越组织层次的级别而进行传递。其次，共同协商设定目标是组织内各部门之间协调的需要。
在现实中，由上而下设定目标、由下而上设定目标是组织内最正式最重要的设定方式。但正如前面所介绍的，这两种纵向设定在发挥作用的同时，也给管理者带来了诸如信息曲解、失真等许多问题。而共同协商设定目标是对纵向设定的有效补充，是应纵向设定的需要而产生的。它是与纵向设定共同组成企业组织内部三位一体的目标设定模式。
尽管三者备有优缺点，但我们从中选择一种方式所采取的路径都是一样的，即从本企业的经营特点、组织结构特点、领导方式等出发，然后对比三者的优缺点，最后找到最佳“结合点”，也就是最适合本企业的目标设定方式。比如规模小、权利比较集中的企业往往采取由上而下的方式来设定目标更有效。