目标管理学说因为简单、有效，而令人鼓舞，但是在实际推行过程中，仍会碰到各种各样的困难，遇到不少问题，最终使目标管理这种先进的经营管理方法无法顺利推行，或不能达到原先的预期效果。目标设定作为目标管理中最为重要的一环，各种问题往往在这一环节中兢已经存在了。
设定科学、准确、合理的目标是企业追求的方向，但在设定目标的过程中我们经常会遇到一些看似细小的问题，而如果我们忽视这些问题的话，将会遇到不少麻烦，甚至使设定的目标陷入歧途，这就是目前非常流行的“细节决定成败”。在公司里这些问题常常容易被忽视，因此下面特作专项讨论，希望引起大家的重视，以避免这些问题的发生。这些问题包括：
把日常业务当做目标
每个人设定的目标一般来说应该是二到五个，如果太多的话，比如十个二十个，精力和工作就会分散，最终两头落空。之所以会设定太多的目标，很大程度上是因为对目标的认识不够，把日常业务当做了目标。虽然在前面的分类中，我们提到有“例行目标”，但仅仅限于分类时的提法。事实上，目标应该以关键性的成果项目为限，而不包括日常业务。
比如，一位财务经理每年都要与有关的证券分析专家会谈一次，这便是例行业务，而不能作为目标。原因是该项会谈工作，不能算是一个重要成果项目或关键成果项目。
把提高产值当做生产部的唯一目标
这样做常常可能带来的后果是，产品品质得不到保证、浪费增加、安全事故增多、工人不满情绪加重等等，因此最终的结果可能是得不偿失。而引入目标管理后，生产部的目标应该是管理人员(M)、提高品质(Q)、降低制造成本（C）、按时交货（D）、确保安全(S)，即所谓的MQCDS。
目标不恰当
目标的不恰当性可以反映在许多方面，如果一个组织不止有一个目标，而组织内的各种目标既不互相联结也不互相支持，则非常容易使各个部门只采取对他们可能有利而对整个组织却不利的行动。例如，某企业给销售部门设定了在某期限内增加销量10000件的目标，但同时又不允许生产部门在近期内增加设备及人手，这样生产部门就必须提高生产效率，加班加点。生产部门为了满足销售需要就可能有追求速度、忽视质量的行为，这样也就影响了企业整体的效益。
目标无法实现
在制定目标时，不能把目标定得太高，以致无法实现。目标必须具备挑战性，既稍微高出本人的能力一点点，但又必须切实可行。
部属的目标订的较低
在很多企业里，经常出现上级对下级的期望目标高于部属自己提出的目标的现象。不过大多数经过双方多次协商后都能达成一致。但是也有直到最后也没谈成功的，偶尔还有对目标讨价还价的情况。之所以如此，有很多原因，如业绩没有得到上级认可、对公司和上级缺乏信任感、找不到措施与方法等等。对此，上级可采取相应的对策，如获得有关部门的协助更改目标、换掉下属、修改自己的目标等等。
过分强调数量和质量目标
在制定有关数量的目标时，当然是要强调数量的，但是过分强调数量可能会造成目标执行人员过分追求速度而忽视质量的情况。反之，如果过分强调质量目标也会引起不少问题，例如企业计划在今年振兴企业的活力，开发人才，要为社会做出更大的贡献。那么到年终时如何对这一目标进行衡量呢?对员工的表现，员工对工作的满意程度，都应制定出合理的衡量标准和方法，这些标准和方法制定起来并不容易。
报酬制度不合理
在设定企业目标的过程中，报酬制度应该设计的和企业实际能力相符。如果报酬制度不合理，就会降低员工对组织的信任度和满意度，从而影响执行人员的积极性，影响目标的制定与实现。
总之，设定合理、有效的目标是每一个企业都期望的，因此企业有必要对上述问题引起注意和重视，并在目标设定的过程中制订好预防措施。
有些企业在设定目标时为了避免出现上述问题，作了如下规定：
1．上下级的目标应紧密相连
员工的个人目标不但应是上级目标中的一部分，而且还应能够帮助上级达成目标。
2．目标数目不能太多
目标一多，就会容易混乱方向，分散精力，重要目标反而不容易达成。因此，应该根据重要成果项目或关键项目来选定目标，一般不应超过5项，尤其是相关项目更应尽量集中统一。
3．目标成果应具体化、数量化那种仅仅把应做的工作或范围叙述出来的做法并不算是目标。目标是指在一定期间内的具体的成果，还需要以数量来表达。
4．共同目标应该表达清楚、肯定
有时一个目标并不是一个人或一个部门单独所能达成的。尤其是重要的目标，往往需要好几个部门一起合作才能完成，因此，需要认真对待几个人之间或几个部门之间的共同目标。如果共同目标写得不明确，可能会造成彼此之间的误会，所以共同目标应该表达清楚、语气也应该肯定，而不是模棱两可。