系统的结构与功能关系是辩证统一的，两者的界限是相对的、可变的。结构决定功能，功能反作用于结构，它们相互作用又相互转化。一般情况下结构不同功能就不同；例如，3B管理在传统经验阶段与科学管理阶段的组织管理形式不同，导致的管理效果也就不同。然而需要指出的是，在一定条件下系统的结构功能关系有两种不同的变化：
(1)结构相同，功能相异。即同一结构可以发挥多种功能，这种变化与外部条件有关。例如，中国石化的福建石油分公司，面对用工形式的变化和人才竞争的环境，在3B管理中建立有效的学习机制，以操作岗位人员干什么学什么为主，发挥多种功能，实现“四个转变”，即从学习是负担向学习是员工最大的福利和最大的奖励转变；从单一的知识技能培训向进一步更新观念、提升学习能力和吸收新知识、新技术转变；从缺什么补什么的被动学习方式向超前跨岗学习、提升综合素质转变；从一纸文凭定终身向倡导终身学习的全新理念转变。那么，在管理实践中关注系统“同构异功”的特殊关系，其管理意义在于：一是通过功能分析提高适应环境的能力；二是通过功能拓展促使结构优化；三是通过功能管理协同结构关系。
(2)结构不同，功能相同。即一种功能可以由多种结构来实现，这种变化与结构的创新有关。例如，中国石化的仪征化纤物流中心，在企业的改革调整中坚持把做好员工的思想政治工作作为有力的抓手，积极探索超前引导、同步开导、善后疏导的“三导一体”工作机制，把思想政治工作贯穿于企业改革全过程，取得积极成效。概括地讲：超前引导，着力三个在前，即思想引导在前、舆论引导在前、介入政策在前，增强员工深化改革的紧迫感、危机感和责任感；同步开导，抓好三个环节，即主题大讨论同步、典型示范同步、一人一事思想工作同步．保证各项改革的顺利进行；善后疏导，做到三个到位，即宣传改革成果到位、落实配套措施到位、实事实办到位，在解决思想问题的同时解决实际问题。由此可见，在管理实践中关注系统“异构同工”的特殊关系，其管理意义在于：一是结构性的运行机制创新；二是结构性的设计比选优化；三是结构性的整体功能升级。